ACI - Příběh

Hra následuje příběh Assassin (zabijáka) Altaira který plní svůj epický quest, pak padla jeho hodnost ve sdružení zabijáků, když selhal v porážce vůdce templářů Roberta De Sable a získání legendárního templářského pokladu. Al Mualim, vůdce Assassin, nabídne Altairovy nabídku očistit své jméno. Altair musí cestovat do Svaté Země (Holy Land) a zabít nové cíle.

Na začátku herního příběhu Richard Lví Srdce právě opět získal přístavní město Acre s pod nadvlády Saracénů. A křižáci dále postupují na jih do Jeruzalému což je jejich hlavní cíl. Nicméně Saladin, vůdce Saráncskej armády má nadvládu nad Jeruzalémem nedovolí Richardovi, aby ho zase porazil a se svou armádou na něj čeká v ruinách Fortress Arsuf, aby ho propadl a nedovolil mu zmocnit se Jeruzalému.

Zatímco Richard a Saladin jsou ve válce, jiní začnou připravovat své plány, aby převzali vládu. V tomto chaotickém období musí náš hrdina Altair odstranit těchto nejaktivnějších. A tady začíná Altairova mise. Během cesty však přijde na to, že nemá na starosti obyčejné cíle, ale jsou spolu propojeny ve skupině blízké Assassin a nejde jim jen o peníze. Jejich skutečný plán se dozvíte během hry.